Dnia 8 września 2001 roku nastąpiło oficjalne otwarcie nowego budynku szkoły. Do tej pory zajęcia odbywały się w bardzo starym ciasnym budynku bez sali gimnastycznej. Nowa szkoła posiada duże, jasne sale lekcyjne z zapleczami, salę sportową, siłownię i stołówkę szkolną.
W roku szkolnym 2002/2003 utworzono
w naszej szkole Gimnazjum.
Dnia 27 kwietnia 2006 roku Rada Miejska
w Borku Wielkopolskim podjęła Uchwałę
nr XL/282/2006 nadającą Zespołowi Szkół Szkoła Podstawowa i Gimnazjum w Zimnowodzie imię Jana Pawła II. Dnia 5 czerwca 2006 roku odbyło się uroczyste
i oficjalne nadanie imienia Jana Pawła II naszej szkole, oraz przekazanie sztandaru szkoły.
Dzień 5 czerwca 2006 roku zapisał się w historii Zespołu Szkół w Zimnowodzie jako jeden
z najważniejszych. Właśnie w tym dniu nastąpiło oficjalne nadanie naszemu Zespołowi imienia Wielkiego Rodaka Jana Pawła II.
Uroczystość rozpoczęła się Mszą Świętą
w kościele parafialnym p.w. Trójcy Świętej
w Zimnowodzie celebrowaną przez Księdza Arcybiskupa Stanisława Gądeckiego. Podczas uroczystej Mszy Świętej poświęcony został sztandar naszego Zespołu Szkół. Po Mszy Świętej wszyscy w uroczystym pochodzie przeszliśmy do budynku szkolnego, aby dalej kontynuować ten Wielki Dzień. Jego Ekscelencja Ksiądz Arcybiskup Stanisław Gądecki odsłonił
i poświęcił tablicę pamiątkową z mottem Zespołu Szkół oraz obraz z postacią
Jana Pawła II.
Tablica pamiątkowa oraz obraz z postacią Jana Pawła II umieszczone są w holu budynku szkolnego obok krzyża poświęconego
w Poznaniu przez Papieża Jana Pawła II podczas VI pielgrzymki w 1997 roku.