Dnia 8 września 2001 roku nastąpiło oficjalne otwarcie nowego budynku szkoły. Do tej pory zajęcia odbywały się w bardzo starym ciasnym budynku bez sali gimnastycznej. Nowa szkoła posiada duże, jasne sale lekcyjne z zapleczami, salę sportową, siłownię i stołówkę szkolną.
W roku szkolnym 2002/2003 utworzono w naszej szkole Gimnazjum.

Dnia 27 kwietnia 2006 roku Rada Miejska w Borku Wielkopolskim podjęła Uchwałę nr XL/282/2006 nadającą Zespołowi Szkół Szkoła Podstawowa i Gimnazjum w Zimnowodzie imię Jana Pawła II. Dnia 5 czerwca 2006 roku odbyło się uroczyste i oficjalne nadanie imienia Jana Pawła II naszej szkole, oraz przekazanie sztandaru szkoły.